Iran z naturalnych względów był przeciwnikiem interwencji radzieckiej w Afganistanie i w ograniczony sposób (większość środków pochłaniała wówczas wojna z Irakiem) popierał szyickie grupy oporu złożone z Hazarów, które z inicjatywy Teheranu w 1988 roku połączyły się w ugrupowanie Hizb-i Wahdat (Partia Jedności). Zaangażowanie Iranu w konflikt w Afganistanie zdecydowanie wzrosło gdy po 1994 roku przewagę zaczęli zdobywać sunniccy Talibowie, którzy we wrześniu 1995 roku zajęli położony blisko Iranu Herat; Teheran popierał wówczas rząd Burhanuddina Rabbaniego, a później opozycyjny Sojusz Północny, w składzie którego była m.in. Hizb-i Wahdat. W czerwcu 1997 roku Talibowie zamknęli irańską ambasadę i wyrzucili irańskich dyplomatów z Kabulu. W sierpniu 1998 roku po zdobyciu północnego miasta Mazar-i-Szarif Talibowie dokonali egzekucji 11 dyplomatów irańskich i korespondenta agencji prasowej IRNA. Spowodowało to mobilizację 200 tysięcy wojsk irańskich na granicy afgańskiej i nieomal wypowiedzenie wojny. Dopiero w listopadzie 1999 roku Iran ponownie otworzył granicę z Afganistanem.
     Teheran sprzyjał interwencji amerykańskiej przeciw Talibom i al-Qaidzie po zamachach terrorystycznych z 11 września 2001 roku. Iran współpracował ponadto z Waszyngtonem przy wyborze pierwszego szefa rządu Afganistanu i obecnego prezydenta Hamida Karzai, a na konferencji w sprawie odbudowy Afganistanu w styczniu 2002 roku obiecał pomoc w wysokości 550 milionów dolarów. Następnie przyczyniał się rozbudowy infrastruktury w zachodnim Afganistanie, co zresztą pozwoliło uzyskać szczególnie duże wpływy w najbliższym sobie Heracie. W sierpniu 2002 roku Afganistan odwiedził prezydent Iranu Mohammed Chatami i była to pierwsza wizyta na najwyższym szczeblu od 40 lat. W styczniu 2005 roku Karzai udał się do Iranu ze swoją pierwszą wizytą zagraniczną po zaprzysiężeniu na prezydenta w grudniu 2004 roku.
     Pogorszenie się stosunków irańsko-amerykańskich związane z eskalacją konfliktu w Afganistanie po 2005 roku odbiło się także na relacjach irańsko-afgańskich. Amerykańskie źródła wywiadowcze zaczęły donosić, że Iran może być zainteresowany wsparciem afgańskich rebeliantów w celu uwiązania sił amerykańskich w Afganistanie. W kwietniu 2007 roku amerykański generał Peter Pace oświadczył, że w Afganistanie przechwycono transport irańskiej broni przeznaczonej dla Talibów. W czerwcu 2007 roku sekretarz obrony USA Robert Gates stwierdził, że szmugiel irańskiej broni osiągnął takie rozmiary, że nieprawdopodobne wydaje się, by proceder ten odbywał się poza wiedzą Teheranu. 15 września 2008 roku brytyjska BBC oświadczyła, że jej śledztwo wykazało, iż Talibowie są zaopatrywani w broń przez elementy władz irańskich.
     Rząd afgański publicznie odcinał się od tych zarzutów (m.in. różnice zdań w tej kwestii zarysowały się podczas spotkań Karzai-Gates w czerwcu 2007 roku i Karzai-Bush w sierpniu 2007 roku w Camp David), określając stan stosunków afgańsko-irańskich jako bardzo dobry, aczkolwiek według doniesień faktycznie podzielał zdanie Waszyngtonu. W sierpniu 2007 roku swoją pierwszą wizytę w Afganistanie złożył prezydent Iranu Mahmud Ahmadinejad i również zaprzeczył powyższym zarzutom. Wydaje się jednak prawdopodobne, że mimo zapewnień Kabulu, iż z terytorium Afganistanu nie nastąpi żaden atak na Iran, Teheran uważa obecność licznych sił amerykańskich za swoją wschodnią granicą za potencjalne zagrożenie w przypadku ustabilizowania się sytuacji i uwikłanie Amerykanów w przeciągające się walki traktuje jako korzystne dla swoich interesów.
     Działająca od stycznia 2009 roku administracja Baracka Obamy wychodziła z założenia, że Iran jako sąsiad Afganistanu musi być zainteresowany współdziałaniem na rzecz ustabilizowaniem tego państwa i z kwestii Afganistanu uczyniła płaszczyznę do możliwej poprawy stosunków irańsko-amerykańskich. 5 marca 2009 roku sekretarz USA Hillary Clinton zapowiedziała zaproszenie przedstawicieli Iranu na międzynarodową konferencję w sprawie Afganistanu w Hadze i Teheran przyjął to zaproszenie.
     Jedną z poważniejszych negatywnych konsekwencji afgańskiego konfliktu dla Iranu jest eksport narkotyków. 23 grudnia 2007 roku władze irańskie podały, że z 8200 ton narkotyków produkowanych przez Afganistan 2500 ton trafia do Iranu, z czego 700 ton jest spożywanych w Iranie, 500 ton jest rekwirowanych przez władze, a 1300 jest przewożonych do innych krajów. Z tego powodu Iran angażuje się w międzynarodowe działania antynarkotykowe, np. 12 czerwca 2007 roku wraz z Afganistanem i Pakistanem na spotkaniu zorganizowanym w Wiedniu przez Biuro ONZ ds. Narkotyków i Przestępczości (UNODC) zawarł porozumienie o wspólnym zwalczaniu przemytu narkotyków.

UCHODŹCY AFGAŃSCY W IRANIE

     Podczas okupacji radzieckiej w latach 80-tych, wojny domowej i rządów Talibów około 2 miliony Afgańczyków uciekło do Iranu i wielu z nich wciąż tam pozostaje z powodu nieustannie trwających walk. Szacunki Wysokiego Komisarza ds. Uchodźców (UNHCR) z października 2006 roku wskazywały, że w Iranie nadal znajdowało się 920 tysięcy uchodźców z Afganistanu. Ponad 1,5 miliona Afgańczyków wróciło do ojczyzny po obaleniu Talibów w 2001 roku, jednak w 2006 roku tempo repatriacji drastycznie zmalało ze względu na pogorszenie się sytuacji w Afganistanie. Na początku 2008 roku liczbę zarejestrowanych uchodźców z Afganistanu w Iranie szacowano na 910 tysięcy.
     W kwietniu 2007 roku Iran zaczął masowo deportować nielegalnych migrantów z Afganistanu, argumentując że licząc aż 1,5 miliona stanowią oni ogromny koszt dla gospodarki kraju, odbierają Irańczykom możliwości zatrudnienia i przyczyniają się do wzrostu przestępczości; przy okazji doszło do licznych przypadków torturowania Afgańczyków. Akcja ta doprowadziła do kryzysu wewnętrznego w Afganistanie – parlament postanowił pozbawić urzędu ministra ds. uchodźców i ministra spraw zagranicznych (co się ostatecznie nie udało). UNHCR podał w sierpniu 2007 roku, że Iran wydalił od kwietnia w sumie 160 tysięcy Afgańczyków.