Południowa Albania (czyli Epir Północny) od starożytności jest zamieszkiwana przez ludność grecką. Gdy 17 grudnia 1913 roku mocarstwa europejskie w protokole z Florencji ustaliły granice Albanii i przyznały jej Północny Epir ludność grecka wszczęła rewoltę i przejęła kontrolę nad spornym obszarem, ustanawiając rząd kierowany przez Georgiosa Christakosa Zografosa. 17 maja 1914 roku w wynegocjowanym przez mocarstwa protokole z Korfu Albania i Grecja uznały, iż Epir Północny powinien uzyskać autonomię, pozostając pod suwerennością albańską. Po wybuchu I wojny światowej w sierpniu 1914 roku do Epiru Północnego wkroczyła armia grecka, jednak w 1917 roku musiała go opuścić w związku z przybyciem wojsk włoskich. W listopadzie 1921 roku Konferencja Ambasadorów potwierdziła granicę albańsko-grecką ustaloną w 1913 roku. Pochłonięta wojną z Turcją (1919-22) i kryzysem wewnętrznym Grecja nie była w stanie przeciwstawić się tej decyzji i zaakceptowała ją w podpisanej 27 stycznia 1925 roku we Florencji umowie granicznej z Albanią.
     W kwietniu 1939 roku wojska włoskie zajęły Albanię, która w październiku 1940 roku stała się odskocznią do inwazji na Grecję. Armia grecka niespodziewanie zdołała odeprzeć Włochów i zajęła większość Epiru Północnego. Jednak w kwietniu 1941 roku cała Grecja padła ofiarą inwazji niemieckiej. Podczas greckiej wojny domowej (1944-49) Albania służyła za bazę dla partyzantów komunistycznych. W maju 1971 roku Albania i Grecja wznowiły stosunki dyplomatyczne, ale dopiero po śmierci dyktatora Albanii Enwera Hodży w 1985 roku nastąpiła faktyczna poprawa stosunków dwustronnych. W sierpniu 1987 roku rząd grecki oficjalnie zniósł utrzymujący się od inwazji włoskiej stan wojny z Albanią. W listopadzie 1987 roku oba państwa podpisały szereg porozumień o współpracy w wielu dziedzinach.
     Na początku lat 90-tych doszło do nowych napięć w stosunkach dwustronnych z powodu napływu dużej ilości imigrantów zarobkowych z Albanii do Grecji oraz w związku z zarzutami Aten o złe traktowanie mniejszości greckiej w Epirze Północnym. Domagano się m.in. zezwolenia na szkolnictwo w języku greckim i zwrotu własności kościoła prawosławnego. Duże rozbieżności pojawiały się w ocenie liczebności Greków w Epirze Północnym: według Tirany było ich 60 tysięcy, a Aten – 400 tysięcy. W lutym 1992 roku parlament Albanii wykluczył Omonię, partię mniejszości greckiej, z udziału w marcowych wyborach parlamentarnych; jej kandydatów dopuszczono do wyborów pod inną nazwą partyjną pod presją Grecji i Unii Europejskiej. W czerwcu 1993 roku Grecja wyrzuciła ze swojego terytorium ponad 20 tysięcy nielegalnych imigrantów albańskich po tym jak z Albanii wydalono prawosławnego księdza oskarżonego o podsycanie separatyzmu w Epirze Północnym. W kwietniu 1994 roku organizacja nazywająca się Front Wyzwolenia Epiru Północnego (MAVI) zaatakowała albański posterunek graniczny, zabijając 2 żołnierzy. We wrześniu 1994 roku władze albańskie skazały 5 członków organizacji mniejszości greckiej Omonia na 6-8 lat więzienia za rzekome szpiegostwo na rzecz Grecji. W reakcji Grecja wydaliła 70 tysięcy nielegalnych imigrantów albańskich i zablokowała pożyczki UE dla Albanii. W lutym 1995 roku albański sąd najwyższy postanowił warunkowo zwolnić działaczy Omonii, co pozwoliło na poprawę stosunków albańsko-greckich. W marcu tego roku do Tirany przybył minister spraw zagranicznych Grecji Karolos Papoulias, wznawiając oficjalne kontakty między oboma państwami. 21 marca 1996 roku Kostis Stephanopoulos złożył wizytę w Albanii jako pierwszy w historii prezydent Grecji. Podpisano wówczas przełomowy układ przyjaźni, współpracy, dobrego sąsiedztwa i bezpieczeństwa.
     Aktualnie stosunki albańsko-greckie układają się dość dobrze. Podczas sprawowania przewodnictwa w UE przez Grecję w pierwszej połowie 2003 roku doszło do otworzenia negocjacji przez Albanię porozumienia o stowarzyszeniu i stabilizacji z UE, które ostatecznie podpisano 12 czerwca 2006 roku. Grecja popiera też przyjęcie Albanii do NATO i udziela pomocy w restrukturyzacji albańskich sił zbrojnych. Grecja jest obecnie drugim partnerem handlowym Albanii. Według danych greckich w 2004 roku 21% importu albańskiego przypadało na produkty z Grecji, a 12% albańskiego eksportu trafiało do Grecji.