Maroko i Algieria to państwa będące byłymi koloniami francuskimi, ale różnią się zasadniczo sposobem powstania. Podczas gdy niepodległa Algieria pojawiła się wskutek długiej i brutalnej wojny narodowowyzwoleńczej, Maroko uzyskało niepodległość w drodze ewolucji politycznej. Skutkiem tego było postrzeganie problemów regionalnych z odmiennej perspektywy historycznej, a także ideologicznej, gdyż konserwatywna monarchia marokańska kontrastowała z algierskim socjalizmem.
     W latach 60-tych Algieria i Maroko zajmowały odmienne stanowiska wobec promującego panarabizm Egiptu oraz konfliktu bliskowschodniego. W październiku 1963 roku wybuchła krótka wojna graniczna między Marokiem i Algierią, której przyczyną były roszczenia marokańskie do obszaru Tindouf w południowo-zachodniej Algierii. Wojnę tę formalnie zakończyło porozumienie rozejmowe z Rabatu z 20 lutego 1964 roku, zawarte przy mediacji Organizacji Jedności Afrykańskiej (OJA). 15 czerwca 1972 roku na szczycie OJA w Rabacie król Maroka Hassan II i prezydent Algierii Huari Boumedienne podpisali konwencję uznającą istniejącą granicę.
     Poważny i przewlekły kryzys w stosunkach dwustronnych wywołała kwestia Sahary Zachodniej. Początkowo Algieria wspólnie z Marokiem dążyła do usunięcia Hiszpanii z tego terytorium. Jednak w 1975 roku, gdy wybuchły walki między Marokiem a Frontem Polisario, Algieria poparła rebeliantów, potępiła „zielony marsz” Marokańczyków i porozumienie trójstronne z 14 listopada 1975 roku przewidujące przekazanie Maroku północnej i środkowej części Sahary Zachodniej a Mauretanii części południowej. Na początku 1976 roku doszło nawet do starć wojsk marokańskich i algierskich. 3 marca 1976 roku Algieria uznała proklamowaną tydzień wcześniej Arabską Demokratyczną Republikę Sahary. Od tego czasu Algieria nie bierze czynnego udziału w konflikcie, ale jest głównym sojusznikiem dyplomatycznym Polisario, którego walkę porównuje z własną wojną wyzwoleńczą przeciw Francji. Stanowisko Algieru niezmiennie mówi, że rozwiązanie problemu Sahary Zachodniej musi nastąpić zgodnie z zasadą samostanowienia. Na terytorium Algierii, w rejonie Tindouf znajdują się obozy uchodźców saharyjskich.
     Dopiero 26 lutego 1983 roku doszło do pierwszego od wybuchu konfliktu saharyjskiego spotkania przywódców obu państw – króla Hassana II i prezydenta Chadli Benjedida. 16 maja 1988 roku przywrócono stosunki dyplomatyczne, co utorowało drogę do przyjęcia planu pokojowego ONZ przez Maroko i Polisario w sierpniu 1988 roku. 17 lutego 1989 roku doszło do utworzenia Arabskiej Unii Maghrebu wraz z Libią, Tunezją i Mauretanią, której celem miało być głównie rozwijanie więzi handlowych i zwalczanie problemów takich jak dług i bezrobocie. Unia szybko jednak przestała funkcjonować z powodu utrzymujących się rozbieżności w kwestii Sahary Zachodniej.
     W latach 90-tych pojawiły się wzajemne oskarżenia o popieranie elementów wywrotowych. W sierpniu 1994 roku doszło do zamachu bombowego na hotel w Marrakeszu i śmierci 2 Hiszpanów; ponieważ zamieszani byli algierscy ekstremiści, Maroko nałożyła obowiązek wizowy na wszystkich Algierczyków, co z kolei spowodowało zamknięcie wspólnej granicy przez Algierię. Sytuacja taka utrzymuje się do dnia dzisiejszego.