Stosunki Australii z Indonezją tradycyjnie są zmienne i nie brakuje w nich napięć. W ostatnich latach największym testem stosunków było przewodnictwo Australii w międzynarodowych siłach pokojowych INTERFET w Timorze Wschodnim po tym jak mieszkańcy terytorium zagłosowali w referendum w sierpniu 1999 roku za niepodległością, w następstwie czego doszło do fali przemocy kierowanej przez proindonezyjskie bojówki. Sprzeciw Indonezji wobec roli Australii w Timorze Wschodnim spowodował upadek zawartego w 1995 roku porozumienia, w którym zobowiązywano się do konsultacji w razie zagrożenia dla jednego z państw lub dla bezpieczeństwa regionalnego.
     Później jednak dwa wydarzenia pozwoliły na poprawę stosunków. Po zamachu terrorystycznym z 12 października 2002 roku na Bali, kiedy wśród 202 ofiar śmiertelnych znalazło się 88 Australijczyków nawiązano owocną współpracę antyterrorystyczną. Natomiast po tragicznym tsunami z 26 grudnia 2004 roku Australia szybko zaoferowała Indonezji pokaźne wsparcie finansowe i materialne (miliard dolarów australijskich), co przyczyniło się do zmniejszenia wzajemnych uprzedzenia. Pozytywnym wydarzeniem był również wybór na prezydenta Indonezji we wrześniu 2004 roku Susilo Bambanga Yudhoyono, uważanego za przyjaznego Zachodowi. W kwietniu 2005 roku złożył on wizytę w Australii jako pierwszy prezydent Indonezji od Abdurrahmana Wahida w 2001 roku. Doszło do niej zaledwie dzień po katastrofie australijskiego śmigłowca biorącego udział w operacji pomocy ofiarom trzęsienia ziemi na wyspie Nias. Podpisano wówczas przełomową deklarację wszechstronnego partnerstwa, przewidującą zacieśnioną współpracę sił zbrojnych, policyjnych, imigracyjnych i celnych, a także agencji wywiadowczych obu państw w celu przeciwdziałania terroryzmowi, handlowi narkotykami i przemytowi żywego towaru. Ponadto Yudhoyono jednoznacznie poparł uczestnictwo Australii w pierwszym Szczycie Wschodnioazjatyckim w grudniu 2005 roku w Kuala Lumpur, czego nie uczynił odwiedzający Australię kilka dni później premier Malezji Abdullah Ahmad Badawi.
     Nadal jednak część Indonezyjczyków podejrzewa, że Australia zmierza do osłabienia ich państwa, skrycie popierając ruchy separatystyczne zagrażające integralności terytorialnej. Wyrazem tych obaw było odwołanie ambasadora Indonezji w marcu 2006 roku w dzień po tym jak Australia przyznała wizy ochronne 42 uciekinierom z prowincji Papua. Dżakarta oskarżyła wówczas Australię o potajemne sympatyzowanie ze zwolennikami niepodległości Papui. Spór o Papuę zażegnano dopiero podczas spotkania na wyspie Batam w czerwcu 2006 roku, kiedy premier Australii John Howard jednoznacznie poparł suwerenność Indonezji nad Papuą. We wrześniu 2007 roku Australia nie udzieliła azylu 5 separatystom z Papui i potajemnie odesłała ich do papui Nowej Gwinei.
     Canberra uważa z kolei, że Indonezja czasami prezentuje zbyt miękkie stanowisko wobec terroryzmu. W Australii oburzenie wywołało zwolnienie przez Indonezję w czerwcu 2006 roku po jedynie 26 miesiącach w więzieniu radykalnego kleryka Abu Bakara Bashira, skazanego w związku z zamachem na Bali. Australia naciska też Indonezję by jednoznacznie uznała Jemaah Islamiyah (której duchowym przywódcą ma być Bashir) za organizację terrorystyczną. Indonezja uważa, że aktywnie działa przeciw terroryzmowi i wskazuje na fakt uwięzienia w ostatnich latach ponad 150 ekstremistów. Negatywnie na stosunki dwustronne wpłynęło kilka procesów obywateli Australii oskarżonych o przemyt narkotyków w Indonezji – Schapelle Corby skazanej na 20 lat w maju 2005 roku i tzw. Dziewiątki z Bali skazanej na śmierć we wrześniu 2006 roku. Dowodem wzajemnej nieufności były opublikowane w październiku 2006 roku badania opinii publicznej, w których większość Australijczyków stwierdziła, że Indonezja jest źródłem terroryzmu, a także że Indonezja stanowi zagrożenie militarne.