Japonia była największym partnerem handlowym Australii przez 36 lat z rzędu, jednak według Australijskiego Biura Statystyk w roku fiskalnym kończącym się w lipcu 2007 roku straciła przodownictwo na rzecz Chin. W tym okresie wolumen australijsko-japońskiej wymiany handlowej wyniósł 40,9 miliarda dolarów. Japonia pozostała jednak największym odbiorcą australijskiego eksportu. Australia jest kluczowym dostawcą surowców energetycznych do Japonii, z a drugiej strony drugim po USA zagranicznym odbiorcą japońskich samochodów. W kwietniu 2001 roku z inicjatywy premierów Johna Howarda i Keizo Obuchiego zorganizowano w Sydney inauguracyjną Konferencję Australijsko-Japońską, skupiającą przedstawicieli świata biznesu i kultury; kolejne 2 konferencje odbyły się w listopadzie 2002 roku w Tokio i w lutym 2005 roku w Melbourne.
     Również więzi polityczne i wojskowe między oboma krajami zostały zacieśnione w ostatnich latach, podbudowane przyjaźnią premierów Junichiro Koizumiego i Johna Howarda. Wojska australijskie i japońskie współpracowały razem w misjach w Kambodży i Timorze Wschodnim oraz w ramach Inicjatywy Przeciw Proliferacji (PSI). W 2004 roku japoński okręt uczestniczący w ćwiczeniach z zakresu PSI po raz pierwszy od czasu II Wojny Światowej pojawił się na Morzu Koralowym. W lutym 2005 roku Australia na wyraźną prośbę Japonii zwiększyła swój kontyngent w Iraku o 450 żołnierzy, by chronić japońskich inżynierów. W marcu 2007 roku oba państwa zawarły przełomowe porozumienie o współpracy w zakresie obronności. W czerwcu 2007 roku w Tokio zainagururowano rozmowy bezpieczeństwa w formacie 2+2 – z udziałem ministrów spraw zagranicznych i obrony obu państw; wcześniej Japonia utrzymywała takie forum współpracy bezpieczeństwa tylko z USA. W komunikacie na zakończenie tokijskich rozmów oba państwa uznały się wzajemnie za „niezbędnych partnerów w regionie” podzielających wartości demokratyczne i mających wspólne interesy w zakresie regionalnego pokoju i bezpieczeństwa. W publikacji na temat strategii obrony narodowej Australii z lipca 2007 roku stwierdzono o Japonii, że „Australia nie ma bliższego ani bardziej wartościowego partnera w regionie.”
     Japonię i Australię łączy również zdecydowane poparcie dla wojny z terroryzmem prowadzonej pod przewodnictwem USA, a także nie kolidujące ze sobą ambicje odgrywania czołowej roli w regionie, czego wyrazem było zadeklarowanie najwyższych kwot pomocy finansowej dla ofiar tsunami z 26 grudnia 2004 roku. Japonia i Australia są najważniejszymi sojusznikami Waszyngtonu w Azji Wschodniej, stąd w marcu 2006 roku zainaugurowano trójstronny dialog bezpieczeństwa na szczeblu ministrów spraw zagranicznych, a w czerwcu 2007 roku odbyło się pierwsze spotkanie ministrów obrony narodowej tych trzech państw. Przy okazji szczytu Współpracy Gospodarczej Azji i Pacyfiku (APEC) odbyło się pierwsze spotkanie przywódców Australii, Japonii i USA w sprawach bezpieczeństwa. W maju 2007 roku ogłoszono, że USA, Japonia i Australia wspólnie podejmą prace nad budową systemu obrony przeciwrakietowej. Latem 2007 roku Japonia była obserwatorem w odbywających się co 2 lata australijsko-amerykańskich manewrach Talisman Saber. We wrześniu 2007 roku odbyły się 4-stronne wspólne manewry morskie Japonii, Australii, Indii, Singapuru i USA. Wielokrotnie opozycję wobec sojuszu australijsko-japońsko-amerykańskiego wyrażały Chiny, które domagają się by o sprawach bezpieczeństwa regionalnego decydowały wszystkie państwa regionu Azji i Pacyfiku.
     Jedynym poważnym problemem w stosunkach australijsko-japońskich jest wielorybnictwo, któremu Canberra zdecydowanie się sprzeciwia. 21 grudnia 2007 roku Japonia postanawia odstąpić od połowu 50 wielorybów garbatych (objętych zakazem połowów komercyjnych od 1966 roku) w interesie dobrych stosunków z Australią, która stanęła na czele międzynarodowych protestów przeciw japońskim planom. W połowie stycznia 2008 roku doszło do kolejnego zgrzytu w stosunkach dwustronnych na tym tle, gdy dwójka działaczy (Australijczyk i Brytyjczyk) wdarła się na pokład japońskiego statku wielorybniczego na wodach Antarktyki. 7 lutego 2008 roku rząd australijski upublicznił zdjęcia z japońskich połowów wielorybów.