Spośród państw Zatoki Arabskiej, Bahrajn jest szczególnie podejrzliwy wobec zamiarów Iranu. Przed uzyskaniem niepodległości przez Bahrajn w 1971 roku Iran wysuwał roszczenia terytorialne na podstawie kontroli nad wyspami jaką sprawował w XVII i XVIII wiekach. Po zwycięstwie rewolucji islamskiej w Iranie w 1979 roku stosunki były złe, gdyż według Bahrajnu Iran często mieszał się w jego sprawy wewnętrzne. W grudniu 1981 roku dużej grupie szyitów zarzucono, że planowali zabójstwo członków rodziny królewskiej; według Bahrajnu za spiskiem stał Iran. Podobną konspirację odkryto w 1985 roku, a w grudniu 1988 Iran był podejrzany o próbę sabotażu rafinerii w Bahrajnie. Teheran z kolei podejmował kwestię biedy panującej wśród szyitów stanowiących większość ludności Bahrajnu i skromny jej udział w rządzie Bahrajnu.
     Stosunki dwustronne stopniowo poprawiały się w latach 90-tych, ale dopiero w sierpniu 2002 roku doszło do wizyty króla Hamada bin Issy al-Khalify, a w 2003 roku wizytę w Bahrajnie złożył prezydent Iranu Mohammad Chatami. Jednak wybór na prezydenta Iranu skrajnie konserwatywnego Mahmuda Ahmadinejada w 2005 roku ponownie wzmógł obawy Bahrajnu. Za rządów Ahmadinejada nastąpiło wyraźne pogorszenie stosunków irańsko-amerykańskich. Bahrajn tymczasem utrzymuje bardzo bliskie stosunki z USA; swoją kwaterę ma tutaj amerykańska V Flota. W związku z tym Bahrajn obawia się, że mógłby stać się celem ataku irańskiego w przypadku konfrontacji irańsko-amerykańskiej. 60% ludności Bahrajnu stanowią szyici, którzy w przeszłości protestowali już przeciw działaniom wojsk amerykańskich w Iraku.
     W lipcu 2007 roku nieoczekiwanie doszło do sporu na tle dawnych roszczeń terytorialnych Iranu wobec Bahrajnu. Redaktor naczelny radykalnego dziennika Kayhan i doradca Ahmadinejada Hossein Shariatmadari napisał wówczas, że „publicznym żądaniem w Bahrajnie jest zjednoczenie tej prowincji z macierzystym Iranem.” Natychmiast po publicznych protestach w Bahrajnie doszło do wizyty irańskiego ministra spraw zagranicznych Manouchehra Mottakiego, który zapewnił o poszanowaniu suwerenności i integralności terytorialnej Bahrajnu przez Iran. Następnie 17 listopada 2007 roku doszło do wizyty Ahmadinejada w Bahrajnie. Podpisano wówczas memorandum w sprawie eksportu irańskiego gazu ziemnego do Bahrajnu.