Chile i Peru mają długą historię sporów terytorialnych. W Wojnie Pacyfiku w latach 1879-83 Chile, pokonując sprzymierzone Boliwię i Peru, uzyskało od obu państw rozległe terytoria wzdłuż wybrzeża pacyficznego. W traktacie pokojowym z Ancon z 20 października 1883 roku Pery przekazało Chile „na zawsze i bezwarunkowo” prowincję Tarapaca oraz prowincję Tacna i Arica na 10 lat po czym miał odbyć się plebiscyt decydujący o przynależności tych terytoriów. Ostatecznie w tej sprawie do porozumienia doszło dopiero w 1929 roku – Chile zatrzymało Aricę, a oddało Tacnę, płacąc również 6 milionów dolarów odszkodowania.
     W kolejnych dekadach również nie brakowało napięć w stosunkach chilijsko-peruwiańskich. W 1975 roku prezydent Peru Juan Velasco Alvarado nosił się z zamiarem wydania Chile wojny w celu odebrania utraconych w 1883 roku prowincji. W 2004 roku Peru oskarżyło Chile o dostarczanie broni Ekwadorowi podczas konfliktu granicznego między Peru a Ekwadorem w 1995 roku. Peru wyrażało też obawy co do dużych zakupów uzbrojenia przez chilijską armię, twierdząc że nosi to znamiona wyścigu zbrojeń.
     Ostatnio odżył spór o granicę morską. W 2003 roku Peru oświadczyło o zamiarze ponownego wytyczenia granicy, którą Chile uważa za ostatecznie ustaloną w traktatach z lat 1952 i 1954. W listopadzie 2005 roku doszło do nasilenia napięć, gdy peruwiański parlament przyjął ustawę określającą suwerenność Peru na morzu, przyznającą Peru blisko 38 tysięcy km kw wód bogatych w zasoby rybne. Według Peru granica morska powinna być przedłużeniem granicy lądowej i przebiegać w kierunku południowo-zachodnim, podczas gdy traktaty z lat 50-tych przewidują równoleżnikowy przebieg granicy morskiej. W sierpniu 2007 roku Chile odwołało na konsultacje swojego ambasadora po opublikowaniu przez rząd Peru mapy wskazującej na jurysdykcję peruwiańską nad spornym terytorium morskim. W czerwcu 2007 roku prezydent Peru Alan Garcia zapowiedział skierowanie sporu do Międzynarodowego Trybunału Sprawiedliwości.
     Poczucie rywalizacji z Chile jest w Peru wciąż obecne, np. prezydent Alan Garcia w przemówieniu inauguracyjnym w lipcu 2006 roku wezwał Peruwiańczyków do wzięcia przykładu z Chilijczyków i wejścia na ścieżkę ekspansji gospodarczej, tak aby prześcignąć sąsiada w ciągu 10 lat. W tym celu zawarto w sierpniu 2006 roku memorandum roszerzające zakres wstępnego porozumienia o stosunkach gospodarczych, zawartego w 1998 roku; memorandum to m.in. przyznaje Peru status najbardziej uprzywilejowanego państwa w inwestycjach w Chile. Kolejne perspektywy dla rozwoju wymiany chilijsko-peruwiańskiej otwiera decyzja Chile o powróceniu po 30 latach do Paktu Andyjskiego w charakterze członka stowarzyszonego. Wymiana handlowa między Chile a Peru wyniosła w 2005 roku 1,83 miliarda dolarów, rosnąc o 50% w stosunku do roku 2004. Według kół biznesowych wolumen powinien wynieść 3,5 miliarda dolarów na początku przyszłego dziesięciolecia.
     Oprócz rozwoju współpracy gospodarczej postanowiono także znormalizować stosunki wojskowe. Podczas zawarcia memorandum handlowego w sierpniu 2006 roku postanowiono także o wznowieniu konsultacji między ministerstwami spraw zagranicznych i ministerstwami obrony obu państw, które mają przynieść porozumienie w sprawie wydatków zbrojeniowych i umożliwić wspólne uczestnictwo w międzynarodowych operacjach pokojowych.
     W listopadzie 2005 roku do Peru próbował powrócić z Japonii Alberto Fujimori, prezydent w latach 1990-2000, ale został aresztowany podczas międzylądowania w Santiago. Rząd peruwiański szybko zwrócił się o ekstradycję Fujimoriego, pragnąc postawić go przed sądem w procesie o korupcję i łamanie praw człowieka. Chile nie przychyliło się do tego wniosku. W lipcu 2007 roku chilijski sędzia sądu najwyższego również orzekł, że Fujimori nie powinien zostać oddany w ręce władz peruwiańskich, jednak 21 września 2007 roku Sąd Najwyższy Chile zatwierdził ekstradycję, którą wykonano następnego dnia.