Stosunki japońsko-rosyjskie nie są w pełni znormalizowane w związku z brakiem traktatu pokojowego po II Wojnie Światowej i związaną z tym kwestią Kuryli, czyli 4 wulkanicznych wysp położonych kilkanaście kilometrów na północ od Hokkaido: Habomai, Shikotan, Kunashiri i Etorofu. W terminologii japońskiej są one określane jako Terytoria Północne; Japonia niezmiennie utrzymuje, że są one integralną częścią Japonii, nielegalnie okupowaną przez Rosję.
     Już po ogłoszeniu kapitulacji przez Japonię 15 sierpnia 1945 roku wojska radzieckie przejęły kontrolę nad Kurylami, dotychczas znajdującymi się nieprzerwanie w rękach japońskich. Kuryle zaanektowano w lutym 1946 roku, a do 1949 roku wysiedlono całą ludność japońską zamieszkującą wyspy (około 17 tysięcy osób). ZSRR nie podpisał traktatu pokojowego, zawartego przez 48 państw z Japonią 8 września 1951 roku, wobec czego od czerwca 1955 roku do października 1956 roku trwały dwustronne negocjacje w tej sprawie. Zakończyły się one niepowodzeniem w związku z brakiem porozumienia w kwestii Kuryli; 19 października 1956 roku w Moskwie podpisano wspólną deklarację mówiącą o zakończeniu stanu wojny i przywróceniu stosunków dyplomatycznych, a w artykule 9. przewidującą kontynuowanie rokowań w sprawie traktatu pokojowego i zwrot wysp Shikotan i Habomai po jego zawarciu. Negocjacje nie przyniosły jednak żadnych rezultatów, w związku z czym stosunki japońsko-radzieckie były bardzo ograniczone.
     Pierwszą (i ostatnią zarazem) wizytę przywódcy radzieckiego w Japonii złożył dopiero w kwietniu 1991 roku Michaił Gorbaczow. W październiku 1993 roku premier Japonii Morihiro Hosokawa i prezydent Rosji Borys Jelcyn podpisali deklarację tokijską, stanowiącą że wszystkie porozumienia zawarte przez Japonię i ZSRR będą respektowane przez Rosję jako sukcesora ZSRR i że strony rozwiążą spór na podstawie faktów historycznych i prawnych. W listopadzie 1997 roku Jelcyn i premier Japonii Ryutaro Hashimoto spotkali się na „szczycie bez krawatów” w Krasnojarsku, obliczonym na budowę lepszych stosunków poprzez więzi personalne. Przyjęto wówczas plan promocji inwestycji japońskich w Rosji i ogólną wytyczną zawarcia porozumienia pokojowego do 2000 roku. Drugi „szczyt bez krawatów” między Jelcynem a Hashimoto odbył się w Kawanie w Japonii w kwietniu 1998 roku; japoński premier zaproponował wówczas uznanie przez Rosję Kuryli za część Japonii przy odłożeniu faktycznego transferu wysp na czas nieokreślony, ale i ta propozycja nie uzyskała akceptacji Moskwy.
     Po przejęciu władzy w Rosji przez Władimira Putina stanowisko Rosji usztywniło się - Putin proponował jedynie zwrot Shikotan i Habomai, co dla Japonii było nie do zaakceptowania. W związku z tym do żadnych znaczących negocjacji w ostatnich latach nie doszło i rozwiązanie sporu jest z pewnością kwestią odległą. Ponadto w sierpniu 2006 roku rząd rosyjski przedstawił 9-letni plan rozwoju Kuryli (obecnie zamieszkanych przez około 20 tysięcy Rosjan, z których połowa żyje poniżej granicy biedy), zakładający inwestycje w wysokości 670 milionów dolarów, w tym budowę lotniska w celu zatrzymania odpływu ludności, która od 1989 roku zmniejszyła się o 40%. 16 sierpnia 2006 roku na wodach wokół Kuryli doszło do ostrzelania japońskiego kutra rybackiego przez rosyjski kuter patrolowy; w incydencie zginął japoński rybak i był to pierwszy od 1956 roku zgon związany ze sporem o Kuryle, mimo że w latach 1994-2005 władze rosyjskie zatrzymały aż 30 japońskich kutrów i 210 rybaków.
     Na początku czerwca 2007 roku, tuż przed spotkaniem Putina z premierem Japonii Shinzo Abe przy okazji szczytu Grupy G-8 w Heiligendamm w Niemczech, Siergiej Ławrow jako pierwszy rosyjski minister spraw zagranicznych złożył wizytę na Kurylach, dając czytelny sygnał iż Rosja nie zamierza zrezygnować z wysp. Absolutnie bezprecedensowa była wizyta na Kunashiri prezydenta Rosji Dmitrija Miedwiediewa w dniu 1 listopada 2010 roku, oprotestowana przez Japonię, która czasowo wycofała swojego ambasadora z Moskwy. Wkrótce potem, 4 lutego 2011 roku na Kurylach pojawił się minister obrony Rosji Anatolij Serdiukow, a 9 lutego Miedwiediew zapowiedział rozmieszczenie dodatkowej broni w celu zapewnienia, że Kuryle pozostaną „nierozerwalną częścią Rosji”.
     W opinii ekspertów japońskich na coraz bardziej nieugięte stanowisko Rosji w sprawie Kuryli wpływają następujące czynniki: poprawa sytuacji gospodarczej w Rosji, relatywnie zmniejszająca znaczenie współpracy gospodarczej z Japonią; dążenie do umocnienia swojej pozycji w zyskującym na znaczeniu regionie Azji i Pacyfiku; wzrost nastrojów nacjonalistycznych; uwarunkowania wewnątrzpolityczne, takie jak kampanie przed kolejnymi wyborami. Również rosyjska opinia publiczna w większym stopniu obecnie sprzeciwia się zwrotowi Kuryli (według jednego z sondaży 67% w 2005 roku w porównaniu z 47% w 1999 roku).
     Spór terytorialny nie przeszkadza jednak Rosji i Japonii w rozwijaniu współpracy gospodarczej w ostatnich latach. W 2004 roku dwustronna wymiana handlowa osiągnęła 7,5 miliarda dolarów, rosnąc o 50% w stosunku do roku poprzedniego i bijąc rekord z czasów ZSRR; w kolejnych latach następował jej dalszy wzrost, do 30 miliardów dolarów w 2008 roku. W związku z dobrą koniunkturą gospodarczą w Rosji zainteresowanie tym krajem zaczął wykazywać biznes japoński, np. Toyota otworzyła w grudniu 2007 roku fabrykę samochodów w St. Petersburgu. Nazwiązano współpracę energetyczną – Japonia zainteresowana jest importem ropy naftowej i gazu ziemnego z Sachalinu (dostawy rozpoczęto w marcu 2009 roku); ważną przyszłościową inwestycją stał się ponadto projekt budowy rurociągu naftowego ze wschodniej Syberii do wybrzeża Pacyfiku. 12 maja 2009 roku podczas wizyty premiera Putina w Japonii podpisano pierwsze bilateralne porozumienie o współpracy w dziedzinie energii jądrowej. Rosja i Japonia nawiązały też współpracę w zakresie nieproliferacji, polegającą na japońskim finansowaniu demontażu rosyjskich atomowych łodzi podwodnych.
     W listopadzie 2006 roku zainaugurowano w Moskwie tzw. dialog strategiczny w sprawach bilateralnych i regionalnych na szczeblu wiceministrów spraw zagranicznych. Drugie spotkanie w ramach dialogu strategicznego odbyło się w czerwcu 2007 roku w Tokio. Nieustające napięcia powodują jednak, że w Japonii utrwala się niekorzystny wizerunek Rosji. W sondażu opublikowanym w październiku 2006 roku przez Yomiuri Shimbun 70% respondentów wyraziło nieprzychylną o Rosji; taki sam procent uznał stan stosunków rosyjsko-japońskich za zły, przy czym 85% za przyczynę tego stanu rzeczy uznało spór o Kuryle.

Nasze artykuły na temat stosunków Japonia-Rosja:

Kuryle – wieczny problem między Rosją a Japonią? (Małgorzata Stańczyk, 23 marca 2011):
http://www.stosunkimiedzynarodowe.info/artykul,947,Kuryle_?_wieczny_problem_miedzy_Rosja_a_Japonia

Dlaczego Rosja rzuca wyzwanie Japonii w kwestii Kuryli (Richard Weitz, 6 marca 2011):
http://www.stosunkimiedzynarodowe.info/artykul,930,Dlaczego_Rosja_rzuca_wyzwanie_Japonii_w_kwestii_Kuryli

Japonia i Zachód wobec Rosji po konflikcie rosyjsko-gruzińskim (Małgorzata Citko, 17 października 2008):
http://www.stosunkimiedzynarodowe.info/artykul,650,Japonia_Obama_i_bomba