Stosunki Syrii z Irakiem za rządów Saddama Husajna były bardzo złe. Podczas wojny iracko-irańskiej Syria jako jedyne liczące się państwo arabskie opowiedziała się po stronie Iranu, a w 1991 roku Syria wzięła udział w koalicji międzynarodowej pod przewodnictwem USA mającej na celu usunięcie Iraku z Kuwejtu. W 1998 roku Syria zdecydowała się na otworzenie granicy z Irakiem i wznowienie stosunków handlowych, mając na celu głównie przezwyciężenie własnych trudności gospodarczych i zrównoważenie rodzącego się sojuszu izraelsko-tureckiego. W październiku 2000 roku Syria wysłała do Iraku samolot z pomocą humanitarną, deklarując solidarność z „walką o zniesienie niesprawiedliwego embargo.” W listopadzie 2000 roku otworzono nieczynny od wojny iracko-irańskiej rurociąg naftowy z irackiego Kirkuku do syryjskiego portu Banias, poprzez który Syria otrzymywała surowiec po cenach preferencyjnych, następnie sprzedając go na rynku światowym po normalnej cenie. W ten sposób Syria zarabiała rocznie koło miliarda dolarów, czyli 5% PKB. Równocześnie rozwinęły się kontakty gospodarcze. Mimo że w lutym 2000 roku Irak otworzył sekcję interesów w Damaszku, do pełnej normalizacji stosunków dwustronnych jeszcze wtedy nie doszło, jako że Syria obawiała się negatywnej reakcji USA, zwłaszcza po zamachach z 11 września i wysunięciu się wojny z terroryzmem (w ramach czego miało dojść do usunięcia rządu irackiego) na pierwszy plan polityki zagranicznej USA.
     Syria zdecydowanie przeciwstawiała się interwencji koalicji międzynarodowej pod przewodnictwem USA w marcu 2003 roku w celu usunięcia Saddama Husajna, obawiając się instalacji nieprzyjaznego sobie reżimu w Bagdadzie. Następnie Waszyngton wielokrotnie oskarżał Damaszek o zezwalanie islamskim bojownikom na przenikanie do Iraku w celu walki z siłami okupującymi Irak. Oficjalnie jednak Syria poparła w imię stabilności regionalnej przejściowy rząd Iraku oraz stałe władze Iraku wyłonione w wyborach 2005 roku. W lutym 2005 roku Syria przekazała Irakowi 30 byłych przedstawicieli reżimu Saddama Husajna podejrzanych o popieranie rebeliantów; wśród nich był przyrodni brat byłego dyktatora Sabawi Ibrahim al-Hassan. 21 listopada 2006 roku w Bagdadzie podpisano deklarację w sprawie ponownego nawiązania stosunków dyplomatycznych po 24 latach; 11 grudnia Syria i Irak ponownie otworzyły ambasady. W styczniu 2007 roku Jalal Talabani jako pierwszy prezydent Iraku od 1979 roku złożył wizytę w Syrii. W sierpniu 2007 roku Nuri Maliki jako pierwszy premier Iraku po obaleniu Saddama Husajna odwiedził Syrię; podpisano wówczas pierwsze formalne porozumienie o bezpieczeństwie na wspólnej granicy. W tym samym miesiącu w Damaszku odbyła się międzynarodowa konferencja poświęcona bezpieczeństwu Iraku (później podobne spotkanie odbyło się też w listopadzie 2008 roku).
     Stosunki dyplomatyczne zostały wkrótce podniesione na wyższy szczebel: w październiku 2008 roku Syria wysłała do Iraku swojego pierwszego ambasadora w epoce postsaddamowskiej; w styczniu 2009 roku to samo zrobił Irak wobec Syrii. 18 sierpnia 2009 roku Maliki ponownie złożył wizytę w Syrii. Jednak 25 sierpnia tego roku Irak i Syria wzajemnie odwołały swoich ambasadorów w związku z żądaniami irackiego rządu by władze syryjskie wydały 2 podejrzanych o zorganizowanie serii zamachów w Bagdadzie 19 czerwca, kiedy zginęło 95 osób. Pokazuje to, że problem kontroli granicy syryjsko-irackiej i roli Syrii w konflikcie irackim pozostaje najistotniejszym w stosunkach dwustronnych: według Bagdadu kontrola nad granicą jest zdecydowanie zbyt słaba po stronie syryjskiej, natomiast Syria uważa, że sytuacja się poprawia i obwinia siły amerykańskie o destabilizację Iraku. Podczas pierwszej wizyty Malikiego w sierpniu 2007 roku premier Syrii Naji Ottri wezwał Bagdad do przygotowania terminarza opuszczenia Iraku przez wojska obce. W opinii Damaszku obecność sił okupacyjnych jest czynnikiem sprzyjającym radykalizmowi i wzrostowi przemocy.
     Według raportu „The New York Times” z października 2007 roku Syria, uważając za nieuchronne wycofanie wojsk amerykańskich z Iraku, umożliwia organizowanie się na swoim terytorium sunnickim grupom zbrojnym i byłym członkom partii Baas, dążąc do zapewnienia sobie wpływów w Iraku w bliskiej przyszłości. Syria wydaje się być w sytuacji odgrywania czołowej roli w Iraku ze względu na to, że wpływy Iranu są ograniczone do szyitów.

     UCHODŹCY

     Wraz z zaostrzającym się konfliktem wewnętrznym w Iraku poważnym problemem dla Syrii stał się napływ uchodźców z Iraku. W połowie 2007 roku ich liczbę szacowano na około 1,5 miliona (spośród 2,2 miliona Irakijczyków, którzy uciekli za granicę); miesięcznie około 50 tysięcy Irakijczyków kierowało się wówczas do Syrii. W sierpniu 2007 roku Syryjska Organizacja Praw Człowieka podała nawet, że liczba Irakijczyków osiągnęła już prawie 2 miliony. Czynniki, które decydowały o tym, że większość uciekających Irakijczyków wybierała Syrię to: bliskość geograficzna i językowa, niewielkie wymagania odnośnie wjazdu na terytorium, niskie koszty życia.
     Dla Syrii, w której granicach od powstania państwa Izrael mieszka kilkaset tysięcy uchodźców palestyńskich, pojawienie się tak dużej grupy Irakijczyków (1,5 miliona osób stanowiłoby 8% 19-milionowej populacji Syrii) wywołało poważne komplikacje w sferze edukacji, opieki zdrowotnej, gospodarki i na rynku pracy, którego cechą charakterystyczną już wcześniej było ogromne bezrobocie. W powszechnej opinii Irakijczycy przyczynili się do wzrostu kosztów mieszkań i żywności, a także drobnej przestępczości. W październiku 2007 roku rząd Syrii wprowadził wizy dla większości Irakijczyków, oprócz biznesmenów i uczonych. 4 stycznia 2008 roku iracki Czerwony Półksiężyc poinformował, że od połowy września 2007 roku do końca grudnia 2007 roku z Syrii powróciło do ojczyzny 46 tysięcy Irakijczyków, jednak nie oznaczało to trwałego trendu, gdyż przemoc w Iraku nadal się utrzymywała, choć na niższym poziomie. W październiku 2008 roku doszło do fali ataków przeciw chrześcijanom w Mosulu na północy Iraku, po której do Syrii zbiegło około 400 irackich chrześcijanów.